Süper Ajan Bernard: Görev Mars, yeniden tanınır olmak için gizlice bir göreve katılan ajan Bernard’ın maceralarını konu ediyor. Bernard, dünyadaki en şanssız ajanlardan biridir. Tanınırlığını yeniden kazanmak isteyen Bernard, bu amaçla Mars görevine gizlice katılır. Görev sırasında Mars’taki gizemli dünyaya giren Bernard, orada yakalanması gereken Marslı canavarlarla arkadaş olur. Bernard, bu durumun ardından ajan onuru ve dostlukları arasında zorlu bir sınavla karşı karşıya kalır.